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網格計算(computing grid)揭示地球生命起源之謎

引自科學網
在英國國家網格計算(computing grid)平臺和美國TeraGrid系統的幫助下,倫敦大學學院(UCL)科學家有望揭示地球早期生命起源之謎。
 
長期以來科學家認為深海熱液噴口可以孕育核糖核酸(RNA)和去氧核糖核酸(DNA)有機生物分子,但他們卻不清楚這些生物分子是如何倖存於熱液噴口的高溫高壓環境中。倫敦大學學院計算科學中心彼得•科文伊教授和他的同事們使用世界上最先進的計算網格系統實現電腦類比,進而探測DNA分子植入分層礦物後的結構性和穩定性。迄今為止,電腦類比技術很少用於探測理解早期生物分子形成的化學途徑。
 
科文伊解釋說,“【計算網格】是目前科學家能夠很容易地操控的頂尖計算平臺系統,它可以充分地類比生物分子和礦石系統模型。”之前的實驗研究表明像DNA這樣的有機分子可以植入到一種叫做分層雙氫氧(LDHs)的礦石中,然而至今卻沒有研究人員展示這種等級的有機分子和原子如何與礦石發生交互作用,以及有機分子如何進入到礦石分層中。據悉,分層雙氫氧礦石普遍存在於25億年前的地球早期階段。
 
計算網格系統類比形成在熱液噴口附近的高溫和高壓環境,這將顯示DNA分子植入分層礦石後所表現的穩定性,以及接觸礦石和處於熱降解作用下所形成的保護狀態。科文伊稱,計算網格系統非常適合於此類研究基礎上,它片刻時間的運算相當於普通電腦數年的運算能力,計算網格將不同地理位置空閒的數千台電腦進行聯網,提供執行計算密集應用。
 
科文伊研究小組對地球生命起源的進化路線已研究了多年,他們使用遺傳基因資訊方法試圖複製和生成早期生命,就像這項研究中的微小有機分子的形成和早期地球環境的交互作用。目前,他們的這項研究發表在3月18日出版的《美國化學會誌(JACS)》上。(來源:新浪科技 魏冬)
 
《美國化學會誌 JACS》原文論文
Computer Simulation Study of the Structural Stability and Materials Properties of DNA-Intercalated Layered Double Hydroxides
J. Am. Chem. Soc., 2008, 130 (14), pp 4742–4756
DOI: 10.1021/ja077679s
Publication Date (Web): March 18, 2008
Copyright © 2008 American Chemical Society
Mary-Ann Thyveetil, Peter V. Coveney,* H. Chris Greenwell,† and James L. Suter
Centre for Computational Science, Department of Chemistry, University College London, 20 Gordon Street, London WC1H 0AJ, United Kingdom

維基百科:網格計算



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